José María de Eça de Queiroz va néixer a Póvoa de Varzim el 25 de novembre de 1845, fill natural del magistrat José Maria de Almeida Teixeira de Queirós i de Carolina Augusta Pereira de Eça. Va ser inscrit en el registre com a fill de mare desconeguda, i batejat a la localitat de Vila do Conde. Encara que els seus pares acabarien per casar-se quatre anys després del seu naixement, el jove José Maria va viure fins el 1855 a casa dels seus avis paterns, en Verdemilho. Aquest any es va traslladar a Porto, i va cursar l'ensenyament secundari al Colégio da Lapa d'aquesta localitat, que estava dirigit pel pare d'un altre il • lustre escriptor portuguès, Ramalho Ortigão.
Amb setze anys, el 1861, va iniciar els seus estudis de dret a la Universitat de Coïmbra, on va fer amistat amb Antero de Quental i Teófilo Braga. Es va llicenciar en 1866. Durant el darrer curs, es va estrenar com a escriptor publicant una sèrie de deu articles, amb el títol de "Notes marginals", al diari Gazeta de Portugal. Aquests articles, que serien més tarda recollits en el seu llibre Proses bàrbares, van xocar al públic portuguès per la novetat del seu estil.
El 1866, conclosos els seus estudis universitaris, es va instal.lar a Lisboa, a casa dels seus pares, i l'any següent va obrir despatx d'advocat a la capital portuguesa. Va continuar col • laborant amb el diari Gazeta de Portugal, encara que per un breu període (entre finals de 1866 i juliol de 1867) va residir a Évora, on es va ocupar de la direcció del diari local, Districte d'Évora. A finals de 1867 va ser un dels socis fundadors del "Cenacle", juntament amb Salomão Saragga, Jaume Batalha Reis, August Fuschini, Ramalho Ortigão, Oliveira Martins i José Fontana.
A finals de 1869 i inicis de 1870, Queirós va viatjar a Egipte i va presenciar la inauguració del Canal de Suez. De tornada a Lisboa, el 1870, va publicar una sèrie d'articles sobre el seu viatge, amb el títol de "De Port-Said a Suez", al diari lisboeta Diário de Notícias. Aquests articles serien més tard recollits en un llibre publicat pòstumament, Notes contemporànies. Aquest mateix any es va publicar, també amb format de fulletó periodístic, la seva primera novel.la, escrita en col.laboració amb Ramalho Ortigão, El misteri de la carretera de Sintra. Es tracta d'un relat de misteri, proper a la novel la policíaca, que va aparèixer entre juliol i setembre, també en el Diário de Notícias. També en 1870, Queirós va ser nomenat administrador municipal a Leiria, i al setembre es va examinar per al lloc de cònsol de primera classe, obtenint el número u. El 1871 va participar en les anomenades Conferències del Casino. La seva conferència es va titular "La nova literatura", amb el subtítol "El realisme com a nova expressió d'art". Durant la seva estada a Leiria, i inspirant-se en l'ambient d'aquesta ciutat, va escriure la seva primera novel realista sobre la vida portuguesa, El crim del pare Amaro, que es publicaria el 1875 a les pàgines de la Revista Ocidental, i que apareixeria posteriorment (a 1876 i després, amb importants modificacions, el 1880) com volum independent. Juntament amb Ramalho Ortigão va fundar i va dirigir un diari, As Farpas, que va iniciar el seu camí el 1871.
L'any 1872 la seva carrera diplomàtica el va portar a l'Havana. Des d'aleshores viuria allunyat del seu país natal, al qual només tornaria durant períodes breus de temps. Va residir a Cuba dos anys, durant els quals va aprofitar també per viatjar pels Estats Units i Amèrica Central. No obstant això, va prosseguir els seus col • laboracions amb diaris portuguesos, i el 1874 va aparèixer al Diário de Notícias seu relat breu "Singularitats de Uma Rapariga Louro".
Va ser destinat a Anglaterra, al consolat de Newcastle-upon-Tyne, el 1874. Allà va redactar la seva tercera novel, El cosí Basilio, que va concloure el 1875. Durant la seva estada a Newcastle, va remetre regularment al diari de Porto A Actualidade els articles que després constituirien el seu llibre Cartes d'Anglaterra. En aquells dies va concebre l'ambiciós projecte d'escriure una sèrie de dotze novel sobre la vida portuguesa, amb el títol genèric de "Escenes de la vida portuguesa".
El 1878 va ser transferit a Bristol. Treballava en aquells dies en la novel La capital, que no arribaria a publicar en vida (apareixeria pòstumament, el 1925), i en la que es considera la seva obra més destacada, l'extensa Els Maia. Si les dues obres esmentades són la quinta essència del realisme, Queirós freqüentar també relats en els que el fantàstic té una gran importància, com és el cas d'El mandarí (aparegut el 1880 al Diário de Portugal), i La relíquia (1887). Al mateix temps, va seguir col • laborant amb diversos diaris portuguesos, i la seva signatura va aparèixer també en alguns diaris brasilers, com la Gazeta de Notícies de Rio de Janeiro.